Проблема решилась следующим образом:
с компьютера в машине был полностью удалены: Microsoft Device Emulator, Microsoft Virtual PC, почищен реестр jv16 Power Tools. Device emulator network driver был оставлен.
Создал новый образ WM6, установил Navitel 1109, активация прошла через интернет, карты Q2 Россия проиндексировались за 13 минут. Soft reset. Запуск navitel и все заработало на ура! Может кому поможет такой способ решения проблемы? Device Emulator не устанавливал, и без него все заработало.
Вывод я сделал такой: при установленном эмуляторе, а не просто взятом из папки, в системе сохранен другой ID устройства, при удалении Device Emulator, он стирается и используется по умолчанию, на который был куплен официальный ключ.
Таким образом у меня получилось три рабочих навитела через емуль: на нетбуке, в машине и домашнем ПК.
p.s. карту не урезал, полная версия карты России Q2.