1. Да выкинь эту штатную посредственную балалайку. Мало того, что звук у нее поганый, так они еще и глючные. Насчет перестановки в нижний дин (я так понимаю, там где "холодильник" для напитков) не знаю встанет ли она туда, не доводилось разбирать ту часть приборки.
2. Если хочешь вкорячить системник в 2дин, по любому придется делать индивидуальный корпус. По поводу расстояния до балки не скажу.
После первого проекта (мать лежала в бардачке), когда с компом что-то случалось и не было возможности забрать его домой это доставляло жуткое неудобство. По мне так, системник должен быть в самостоятельном корпусе где-нить под сидением или в багажнике. Да и охлаждение компа придется продумывать, жарковато там в 2дин
В общем если коротко, дабы избежать возможных проблем и неудобств в будущем делай в обычном корпусе имхо.