У меня такое бывает тоже, но редко.
Раньше грешил также на СитиГид, но поставив xport и iGO с Automapa и PocketGIS, понял что дело не в программах (они все тормозили одинаково) а в потоке данных с GPS приемника.
Иногда это через пару-тройку минут само исправляется, иногда лечится перезагрузкой компа. Возможно начинает тормозить эмулятор сом-порта.