Вчера заметил ту же проблему, но сразу после первой установки плагина. И нашел решение. Если центрифуга запущена с ключиком -advsettings то в настройках MultiAppLoader'а есть только первая страница, остальных нет и приложения настроить нельзя. Запускайте центрифугу без этого ключа и настраивайте MultiAppLoader.